Zarząd FX jest organem, przed którym odpowiada Dyrektor Wykonawczy Agencji. Zadaniem zarządu w głównej mierze jest zapewnienie przejrzystości procedur decyzyjnych Agencji.
W jego skład wchodzą przedstawiciele służb granicznych 27 państw członkowskich UE, dwóch członków Komisji Europejskiej oraz Islandia, Liechtenstein, Norwegia i Szwajcaria.